性功能障碍主要是指性欲改变的存在，从勃起功能障碍到射精障碍的存在，可以通过心理治疗、药物治疗的方式进行处理。
阴茎不能完全勃起或虽有部分勃起但持续时间过久，甚至发生性交困难。性功能障碍中以勃起功能障碍，早泄最为多见，对勃起功能障碍、早泄等，许多病人绝大部分由心理性因素引起。目前，大多数男性在性生活中都会出现阳痿现象。临床上可采用心理治疗或药物疗法来进行治疗，如心理治疗主要是放松心情、消除紧张情绪，药物则是通过增加性欲而达到目的。可考虑口服药物治疗，药物通常建议使用西地拉菲，法地拉菲和他达拉非。另外还要注意避免使用其他影响射精功能的药物。此类药物为选择型的五型磷酸二酯酶抑制剂，此类药物能迅速提高男性患者阴茎勃起，还能使阴茎保持插入阴道，完成合理性交。
针对性功能障碍的治疗首先要明确病因，治疗上主要针对病因。
有些患者可能是内分泌因素引起的，可以通过内分泌治疗来治疗，比如激素治疗。另外，有些患者可能是糖尿病引起的性功能障碍，所以要控制血糖，也有可能是心理因素引起的。同时还可以配合一些药物来治疗。还有很多病人，比如早泄，都有包皮过长。那我们可以做包皮环切术来治疗早泄。
对于性功能障碍的治疗，首先要找出性功能障碍的类型和诱发因素。只有找到了具体的原因，才可能成为治疗的目标。由每个人不同的身体状况引起的性功能障碍的因素也是不同的，这取决于是精神疾病还是疾病。这一点必须清楚地理解。如果找不到药物，盲目使用是不好的。
通常情况下，性功能障碍患者心理治疗效果不错。
有针对性功能障碍的病人，一般都是因为心理因素导致的性功能障碍，这些病人一般都是没有器质性病变的。所以有针对性功能障碍的病人，如果是心理原因引起的，一定要接受正规的心理治疗。针对这部分患者，往往是因为性经验不多，性技能不强，或者性经历过失败，心理上会产生一些负面的情绪和压力，从而导致患者出现勃起功能障碍、早泄等性功能障碍，及时进行正规的性心理治疗。
性功能障碍的治疗较为复杂，这是因为性功能障碍的发生和多种因素相关，可时心理性或器质性或混合性因素所造成。器质性因素多为血管性，神经性病变及内分泌等变化。
性功能障碍以男性衰老出现性功能障碍最为多见，该病例经口服西地拉非可取得有效治疗。性功能障碍还可由心血管，高血压，糖尿病及高脂血症，肥胖等内分泌疾病所造成，有必要说把原来病有效地控制住，解除对血管内皮细胞的伤害，而对这些疾病的治疗药物应引起重视，还会造成性功能障碍。因此，一定要规范性用药，还要协助他达拉非和西地那非的好转，若在医院信息处造成用药，则疗效不一定理想，需手术治疗。
性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。