儿童治疗软疣首先应去除软疣再进行药物治疗，不能自愈。
软疣多数临床表现为白色半球状丘疹或可挤出白色乳状物质。治疗时可刮除疣体或使用镊子将疣体内物质挤出，再外涂碘酊、酞丁安软膏、西多福韦软膏等，也可以使用冷冻疗法等。平时应避免儿童与人共用洗浴用品和毛巾，避免到公共游泳池游泳等。
传染性软疣并没有最佳治疗方法的说法，需要采用合适的方式进行治疗。
疣体夹除术治疗该病效果较好，用手术夹碎软疣并挤去内容物，患者还可以在医生的指导下使用斑蝥素乳膏、西多福韦软膏等药物进行治疗，对传染性软疣病毒有一定治疗的作用，治疗期间要注意清淡饮食，有利于身体恢复。
孩子患软疣能治，但不能说是根治的。
软疣由痘病毒感染引起、小孩子患的是软疣，大多是由于成人传染小孩子，也许要穿过公用浴巾毛巾，还可通过亲密接触传播。目前多采用局部消毒后处理，用止血钳夹一下，还可利用激光等来打落软疣，接着涂上有抗病毒效果的膏，彻底清除病毒。
软疣一般由于病毒感染导致的，所以可以口服抗病毒要治疗，也可以进行手术刮除疣体进行治疗，也可以外用涂抹祛除疣体的药物治疗，也可以找中医，进行中药调理，平时要注意个人卫生。
可为性传播，软疣多见于外生殖器、臀部、下腹部、耻骨部及大腿内侧区，肛交者发生于肛门。皮损可发生于除掌跖外的任何接触部位，也可出现于唇、舌及颊粘膜、结膜等，结膜损害可伴有反应性结膜炎或角膜炎。少数损害异常巨大，称为巨型软疣，有的可角化而像小的皮角，称为角化性软疣。一般无自觉症状。