肾结石的处理原则主要是一旦形成梗阻，就应该进行积极的治疗。
如无梗阻肾结石形成，可临时观察，定期复查。在检查之前要做好充分的准备工作，包括患者本身以及家属都需要有良好的配合和沟通能力。一旦梗阻形成，应积极处理，由于梗阻形成后，若梗阻不能及时消除，肾结石可导致较严重肾积水，对于肾脏功能的损害则更为严重。另外在临床上发现有部分患者出现了尿路症状，但是这些患者并不是肾功能不全或者尿毒症，而是一种比较罕见的情况，叫做肾性高血压，也称为原发性高血压病。若持续时间较长，此种伤害可能越大，损害肾脏常不可逆转，再次采用手术及其他方法处理。
肾结石使用以下方法处理最好，具体分析如下：
肾结石是泌尿外科常见疾病，近年来发病率很高，主要发生在南方，且与气温升高有关。如果是4mm以下的结石，需要多饮水，定期做泌尿系统彩超检查。介于4mm到1cm的结石可用体外冲击波碎石，1cm到2cm的肾结石可用软式输尿管镜钬激光碎石术；2cm以上的肾结石或鹿角形结石应行经皮肾镜。
当肾结石直径大于或等于8mm时，中西医保守医治无效。当直径为10mm时，应进行体外碎石和手术取石。由于结石引起的严重尿路梗阻，肾积水无法长期缓解，当肾功能受到影响时，应尽快进行手术。当结石被尿道阻塞时，疼痛很严重，没有尿液。此时应该进行跳跃和大量饮水，这有利于排出石头。
肾结石病人是不能饮用黄酒的，严格限制酒精的摄入。避免进食高蛋白、高嘌呤、高钙食物如豆腐，菠菜，内脏，海鲜，啤酒，坚果等。多喝水，针对肾结石病人也是很有必要的。另外肾结石饮食以清淡营养软食和流食为主，避免进食生冷油腻刺激性的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜。
肾结石痛可以吃一些镇痛类的药物和解痉的药物，也可以将管腔的痉缩解除，输尿管管腔松了，可以让石头容易通过。肾结石症状特别严重会影响了身体健康，应该手术治疗，或者是去医院进行激光碎石。平时要注意做好护理，不要抽烟和喝酒加重结石。
对于两公分肾结石，如不构成严重的梗阻，可先试用体外震波碎石处理。
若采用体外震波碎石，把结石碾碎为直径在六个毫米以下的结石，有可能自行排泄。此外，还可协助某些口服排石药物的治疗，患者还可以大量饮水和小便，适当跑、跳，爬楼梯之类的动作，很可能会加速结石排泄。若体外震波碎石的作用不显著，严重者可能需手术治疗；若两公分肾结石梗阻并不严重，可考虑经尿道输尿管软镜激光碎石治疗，对患者伤害也相对较轻。