一般情况下，由于个体差异，儿童益生菌什么时候吃最好的说法不恰当，家长可以在儿童大便比较干燥或者便秘的时候，给儿童吃益生菌。具体内容如下：
儿童并不是一定要吃益生菌的，如果孩子出生以后以及在发育期间，饮食和大便各方面都是正常的，通常不需要给孩子服用益生菌。但如果儿童大便比较干燥或者存在便秘的情况，则可以给儿童服用益生菌进行调理。
成人益生菌选择在饭后半小时服用，有利于食物消化与吸收。大多数益生菌是不耐胃酸的。益生菌可抑制有害菌在肠内繁殖，减少毒素和有害物质粘附，促进肠道蠕动，平衡菌群。还可以提高机体免疫力和抵抗力，冲调益生菌不要选择用开水，用37度以下温水，以免益生菌活性失效。需要减少益生菌在空气中的暴露时间，注意避光保存。
新生儿益生菌在宝宝出现肠胃消化不良，积食腹胀或者腹泻，便秘的时候吃最好。如果本身宝宝大便正常，肠胃消化功能也没有任何问题的情况下，并不需要去吃益生菌，因为使用益生菌也并不是完全无害的，如果长期使用益生菌，在停药后缺乏外界药物的补充有可能会导致肠道菌群失调，容易影响正常的肠胃功能。所以通常只有在肠胃有消化问题的时候才需要使用。
益生菌通常空腹或跟着饭一起吃，这样的效果是好的，益生菌通常主要治疗小儿的腹泻，包括消化不良、肠炎或痢疾等，有助于宝宝建立正常的肠道菌群，恢复宝宝的消化功能。冲调益生菌的水不能超过37度，温度过高会把益生菌里的活菌剂给杀死，那么就没有效果了。
饭后半小时服用益生菌效果好，大多数益生菌是不耐胃酸的，饭后半小时冲服食用能够起到良好效果。益生菌粉剂优于益生菌液体，益生菌是一个适合在低温环境下生存的菌种，益生菌不耐高温冲调。
婴儿益生菌并不能说哪个牌子好，而是需要根据婴儿用益生菌的适应症来选择，也就是说，要根据婴儿肠道菌群的缺乏程度和疾病的相关性来选择相应的益生菌；好的益生菌应该是能够通过胃酸和胆盐这两道杀灭细菌的屏障关卡，仍然保持活性，且能分布于肠道部位的益生菌，才是好的益生菌。
