有可能会出现腰、腹不适或疼痛，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。症状有疼痛，为隐痛，钝痛，固定于一侧或两侧，向下部及腰背部放射，血尿，可表现为镜下血尿或肉眼血尿。腹部肿块，有时为病人就诊的主要原因，60%—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。
肾囊肿破裂与肾结石急性发作往往容易混淆，都有肾虚脚痛或者是胀痛，然后有血尿或者是尿路感染的症状，因此在治疗上需要结合的临床表现选择药物治，药物治疗需要在医生的指导下进行。
肾囊肿压迫到肾盂输尿管容易造成肾积水，影响到肾功能。如果是囊肿破裂，会引起疼痛和感染等症状。肾囊肿临床上十分的常见，属于肾脏的良性病变，主要是由于肾脏的集合管堵塞造成的，肾囊肿长期没有任何的临床症状，随着囊肿的不断增大，就会表现出一系列的临床症状。如果囊肿较大压迫到肾包膜会引起肾脏酸胀，疼痛等症状。
肾囊肿一般没有什么临床症状，常常是在做彩超时发现肾脏有囊肿，但是如果肾脏囊肿比较大，或者本身继发感染或者本身破裂出血，就会有比较明显的症状。比如：会有腰疼，腰痛一般都是胀痛，一般都是因为囊肿挤压肾脏导致，再有会有血尿，如果肾盂旁的囊肿压迫了肾盂，就会出现镜下的血尿。
肾囊肿是常见的一种肾脏结构异常，一般都是后天形成的，多来源于肾小管憩室，随着年龄的增长，肾小管憩室越来越多，就会发生肾囊肿，多以中老年人多见。大部分的肾囊肿不会超过2cm，没有任何的临床症状，多是体检发现的，也不需要治疗，每年定期复查就可以了。少数患者的囊肿会长大达到5-10cm，就会引起来肾脏压迫症状、腰痛、血尿等，需要行微创治疗。