治疗唇腭裂要进行手术治疗，唇腭的整形手术可能要分多次完成，寄希望于一次手术即可成功是不现实的。唇腭裂要初步诊断病患程度如何，要尽早治疗，按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，以恢复软腭的生理功能。也可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，以改善腭咽闭合。唇腭裂疤痕修复手术具体方法是将异位的口轮匝肌复位，恢复肌肉的连续性，达到功能性修复。注意唇裂疤痕修复的正常高度，人中居中，上唇两侧对称。唇裂者常伴有鼻部畸形，应同时矫正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矫正鼻翼塌陷，恢复鼻孔基本对称。
唇腭裂是一种先天性发育问题，可能是由孕妇在妊娠早期接受的放射性物质或病毒感染引起的。一旦确诊，需要进行外科修复，这可能会影响病人的正常饮食和发音。重症病人的手术可能不会一次完成，而二期甚至三期的手术需要在后期进行。
单纯的唇裂以及腭裂的手术费用，则一般是在8000-12000元左右。手术要看严不严重，一次手术能不能治好，价钱是不一样的。期唇裂修复手术和腭裂修复手术费用在8000左右，齿槽嵴裂修复手术费用在12000左右，二期鼻唇矫形手术因为治疗方法和植入物材料不同。
唇腭裂是母亲在生长发育过程中一些不利因素造成的。这些因素可归纳为遗传因素和环境因素两大类，临床实践中经常发现唇腭裂患儿，在其直系或旁系亲属中，也有类似的畸形，这是由于某个基因的突变造成的。环境因素指的是胚胎生长发育的环境。母体是胚胎生长发育的温床，如果母体受到外界的干扰，就会影响胚胎发育。
遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
引起唇腭裂的原因当属遗传因素，从遗传方面来讲，有兔唇，也就是唇裂的患者，在其直系亲属或者旁系亲属中是能发现类似畸形的发生的，这就是说它与遗传相关的原因，有遗传学研究认为唇裂属于多基因遗传性疾病。从环境方面来考虑，在妊娠的前三个月中，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，是可能影响到胚胎颌面部的生长发育的，比如准妈妈缺乏营养，不忌烟酒，或者受到一些物理损伤等，都可能造成影响。