唇腭裂是多种因素造成的，目前可能跟基因、环境因素有关。但如果父母有唇腭裂，发病几率就会增高，如果祖父母有唇腭裂病史，孩子也可能会出现唇腭裂，发病率也高于正常人群。
唇腭裂是母亲在生长发育过程中一些不利因素造成的。这些因素可归纳为遗传因素和环境因素两大类，临床实践中经常发现唇腭裂患儿，在其直系或旁系亲属中，也有类似的畸形，这是由于某个基因的突变造成的。环境因素指的是胚胎生长发育的环境。母体是胚胎生长发育的温床，如果母体受到外界的干扰，就会影响胚胎发育。
遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
发育畸形做了引产，现再次怀孕，患者因有胎儿畸形发育史，本该要做常规的孕前检查，查找引起胎儿先天发育不良原因，但患者还没来得及做。不能确定是否再次发育畸形可能。引产后两个月又检查出怀孕，子宫内膜还未修复好，土地太贫瘠，有可能导致胎儿发育不良，流产可能。患者引产后未积极避孕，产后没多久就怀孕。
hcg一般指人绒毛膜促性腺激素，怀孕人绒毛膜促性腺激素翻倍慢的原因有异位妊娠、胚胎发育不正常、卵子的质量差等。
孕妇第二次做人绒毛膜促性腺激素检测，人绒毛膜促性腺激素翻番比较慢，可能是因为受精卵没有在子宫里着床，而是在输卵管里生根发芽，导致了异位妊娠，因为没有良好的生长条件，所以胎儿的人绒毛膜促性腺激素并没有增加。第二种情况是因为自身的胚胎发育不正常，或者是卵子的质量差。