肛瘘的治疗方法主要是通过手术方式，手术的原则是将瘘管彻底的切开或者切除，形成敞开的创面促进它的愈合。它最大的优点是不会造成严重的肛门失禁，同时具有操作简单，出血少，换药痛苦较小的优势。
肛瘘应该用手术的方法进行治疗。是肛周脓肿或者是肛肠部位外伤引起的，应该到医院检查，查清病因，配合医生做好检查和治疗工作。要多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，不要吃上火的食物。
一旦发现了，确诊是肛瘘，除外了一些手术禁忌证的情况下，还是要采用积极的手术的治疗。手术的治疗，能达到有效治疗的目的。采用比较安全的术式，对于括约肌，对于肛门的功能影响更小的术式。对于低位的肛瘘，可以采用这种切开的手术。
轻微肛瘘症也需要积极进行手术治疗，因为如果肛瘘病程过长，轻微肛瘘是有可能发展为高位复杂肛瘘的。到时候手术治疗时间长，术后恢复过程慢，手术并发症多，术后肛门功能影响大，会带来更多的痛苦和经济上的负担。
肛瘘可以采取手术治疗，手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。看瘘管深浅，曲直，可选用挂线疗法，肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。平时适当参加体育锻炼，如散步，打太极拳等，避免久坐，久站。