肥厚性心肌病患者可以选择药物或是手术治疗。
症状轻微的患者可以选择药物治疗来改善病情的症状，常见的药物有β阻滞剂，能够改善心肌供血，加上使用活血化瘀的中药，促进血液循环。严重的患者可能要采取手术治疗。肥厚性心肌病患者，一般通过心脏B超检查可以发现病情，主要是查看室间隔与左室后壁的比例，正常情况下是1公分，如果超过1.2公分，那么可能就会出现流血道的堵塞，引起晕厥、心脏骤停的情况。
此外，患者在日常生活中，要养成良好的生活饮食习惯，避免情绪波动。
肥厚性心肌病需根据具体病症进行治疗。
肥厚型心肌病一时之梗阻性肥厚型心肌疾病，针对该病的治疗，可以选择药物保守治疗，常用的药物有纠正心衰的药物、逆转心室重构的药物，例如β受体阻滞剂等。梗阻型肥厚性心肌疾病比较危险。因为梗阻往往会出现低血压、恶性心律失常、心绞痛等症状。如果心排血量受阻，会导致机体供血不足，脑供血不足，冠状动脉供血不足，这是非常危险的。一般都会选择无水酒精消融，这样可以减轻梗阻，从根本上治疗。
肥厚性疾病的处理相对困难，以不一定能根治为主。
肥厚性心肌病以改善症状为主，降低并发症，防止猝死的发生，其中，药物治疗为肥厚性心脏病治疗提供了依据，以流出道梗阻为治疗目标的药物包括β受体拮抗剂，非二氢吡啶类钙通道阻滞剂等。当存在心衰时需针对心衰进行药物治疗，在伴有房颤的情况下，需给予抗凝治疗。对胸闷不舒服患者，应用硝酸酯类时，应引起重视，要排除外流道梗阻，以免用了以后加重病人的病症。非药物治疗以手术为主，酒精室间隔消融术为辅，及起搏治疗，对现在的病人普遍建议酒精室间隔消融，但还需结合适应症而定。
一般情况下，肥厚型心肌病能治疗，但肥胖性心肌疾病不可能完全治愈，只有在控制病情、降低合并症、防止猝亡的情况下才行。肥大心肌病是一种病因未明的心房病变，其特点是心室壁不均匀肥大，经常侵犯到房间隔，使其心室体积缩小。最好的选择是用药，比如用来抑制心跳的β-受体阻断药，这样就可以使心跳保持在每分钟60到65次之间。如果药物治疗无效，可以选择外科手术进行治疗，有较好的治疗效果。
一般情况下，隐性肥胖性心肌病，主要是由彩色超声、MRI等检测结果诊断为肥胖性心肌病，但一般不会出现明显的临床表现，这些患者一般不会出现明显的运动后胸闷、呼吸困难等表现。因为这些病人的平均寿命都很接近普通人，因此需要密切的关注，并经常进行心电图、心脏彩色超声、MRI等，并注意心室肌肥厚的改变，并注意是否出现了其他的临床表现。若没有明显的临床表现，应持续进行严密的随访；若病人有明显的工作呼吸障碍，可用倍他乐克等药物进行处理；若病人有心脏功能不全，应使用抗心衰的药物；若有心室颤动，应使用抗心衰药物，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
对于没有明显的临床表现，没有明显的临床表现是可以不必进行治疗的，这是由于病人的生命中没有明显的表现。若病人有临床表现，并有可能是因此病所致，可以服用美托洛尔，服用美托洛尔片；若病人的病情没有好转，可以转而使用维拉帕米。同时伴有心脏功能不全的病人也可以使用呋塞米片利尿；同时出现心律不齐的情况下，可以口服氨碘酮来提高心率。