甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润，可观察或中医及内科治疗。
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议给予内分泌治疗。
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿发生。
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时治疗手术。
5、射频治疗是一种新的治疗方式，可以作为方案的替代，但不建议。
甲状腺囊肿病因如下：
1、本病多由肝郁火伏、肝炎增高、情志内伤、肝气郁结引起。其发病机制与经、孕、产、奶等生理功能失调和体质因素等有一定关系，体内阴阳平气、气滞痰凝，堵颈前功能放弃基本病变，久而久之，引起血脉淤血，气、痰、瘀三者相结合本病初有许多果实，久则实至虚，或虚实相杂。
2、由于机体摄入碘减少，导致血甲状腺激素浓度降低，通过神经-体液调节途径垂体前叶分泌大量促甲状腺激素，促使甲状腺肿大。这种肿大实际上是甲状腺代偿性肿大，是甲状腺功能不足的现象。
甲状腺囊肿是可以治好的。老年甲状腺囊肿患者早期无任何不适，多无意识发现颈前肿物，亦有甲状腺结节病史。多为单发结节，偶见多发性结节，直径多在2-5厘米之间。甲状腺囊肿块呈圆形，表面光滑边界清晰，多不痛或轻微疼痛，无触痛，可随吞咽上下移动。甲状腺囊肿囊内压不高时质软，可触及囊性感；例如，在囊肉液体多、压力高的情况下，也可以触摸强韧。
甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
