子宫内膜异位症和巧克力囊肿就一个病。巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症是子宫内膜组织生长在子宫以外的部位。如肾，膀胱，消化道，卵巢等。巧克力囊肿可以说是子宫内膜异位症的一种病变，是病变发生在卵巢，渐渐的发展为囊肿，出血形似巧克力，所以叫巧克力囊肿。
具体看女性是哪个部位的囊肿，有卵巢囊肿和宫颈囊肿，一般囊肿不会影响妊娠，如果卵巢囊肿很大，可以怀孕和分娩剖宫产进行囊肿切除治疗，如果不是大囊肿，第一次观察不影响妊娠。宫颈囊肿是慢性炎症。症状不影响怀孕。
子宫内膜异位性囊肿，最常见的原因有可能是经血倒流，也就是子宫内膜通过月经血逆流进入到腹腔，种植在卵巢和盆腔内。也有可能是子宫内膜通过淋巴或者是静脉，带到卵巢内形成子宫内膜异位症，子宫内膜在卵巢里生长、发育，在每次来月经的时候就会出现出血。所以时间长了就形成囊肿，这种囊肿大部分是有痛经的。
子宫内膜位置与宫内膜异位没有直接关系，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢上，伴随着周期性的出血而逐渐形成了巧克力囊肿。巧克力囊肿比较小时通常没有症状，如果巧克力囊肿比较大，如果有剧烈的活动是会发生破裂，出现剧烈的腹痛。囊肿比较小，可以暂时观察。如果囊肿比较大，应该及时手术治疗。
子宫内膜息肉和囊肿可以联合手术。
子宫内膜息肉手术一般是宫腔镜下息肉摘除手术或根治性手术，卵巢囊肿的外科治疗包括腹腔镜下的囊肿剥除术和开腹的患者。术前要进行血常规、凝血功能、肝肾功能、便常规、超声等检查，以确定囊肿、息肉大小、患者的具体情况，确定患者的具体情况，然后再进行手术。手术后要多注意补充营养，多休息。
子宫内膜异位症巧克力囊肿是可以吃豆制品的，在日常生活当中一定要注意避免使用果酸的食物，主要是因为酸性的食物本身就会起到固涩收敛的作用，这样很不利于血的畅行和排出，比如芒果、酸枣、荔枝，都要减少食用。