硫酸软骨素的主要作用是降低血脂，有轻微修复软骨、促进软骨再生的作用，有一定缓解关节疼痛的作用，还能预防冠心病。而氨糖软骨素的作用是减轻关节炎症，缓解关节疼痛，抑制关节软骨破坏酶，促进软骨修复。硫酸软骨素一般都是药品，具有明确的治疗作用。而氨糖软骨素有一部分产品属于保健品，对于其产品成分的监管和控制并没有药品严格。
可以长期口服，该药起效慢，作用持久，需每天按时吃药才能达到疗效。达到最高浓度分布在软骨，滑膜。期间避免体力劳动，长期负重步行，减少站立。骨质增生，骨质疏松，坐骨神经痛，痛风，椎间盘突出病人，肩周炎，风湿性关节炎等不适。
氨糖软骨素能减轻关节的初期响声，但在后期引起的关节响声中不能起到作用。
1、能缓解：早期关节炎会出现轻微的关节响，关节软骨轻微受损，可用氨糖软骨素进行修补，一般在3-6个月左右就能起到缓解的作用。
2、不能缓解：晚期关节炎也有关节响音的症状，但是关节的软骨受损严重，服用氨糖软骨素也不能彻底的恢复，不能减轻关节的响音。
没有的，氨糖是运用尖端技术从海洋生物体中提取的纯天然物质，因此对人体无毒副作用。氨糖能为人体大量催生和补充关节滑液，从而不断润滑关节软骨面，减少磨损，使关节部位灵活自如。补充足量的关节滑液，也为关节软骨提供了，足够的物质载体。
氨糖软骨素是保健产品，主要作用是保护人体关节。人体关节中含有的关节软骨以及关节周围的软组织，通过服用氨糖软骨素能够起到一定的延缓关节组织结构衰老的作用，抵抗关节软骨出现的磨损状态，增加关节的润滑程度，改善关节周围软组织的炎症状态，减轻关节出现的疼痛症状。
最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。