皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
手术住院一般需要5-7天左右。术后需要遵医嘱定期切口换药，如果大于5天切口愈合良好，即可考虑遵医嘱出院。如果需要拆线，一般需要12-14天左右。皮下囊肿种类很多，比如腘窝囊肿、皮脂腺囊肿、腱鞘囊肿等都属于皮下囊肿的范畴。以腘窝囊肿为例。
囊肿的大小切开皮肤的，具体有多大是按照囊肿的大小来切开的，只是在皮下，是一个小手术，一般1到2周就可以恢复的，在做手术的时候会打麻药，没有痛苦的，术后要保持伤口周围清洁，每天用碘伏消毒，预防感染，穿棉质透气性好的衣服，拆线以后就可以洗澡。
皮下囊肿好发于头皮、颈部及臀、背部，是一种真皮内含有角质囊肿。系因外伤将表皮植入皮下而成。其囊肿壁为上皮结构，但基底细胞层为囊壁外层。角质层为囊壁内层并充满角质物于腔内，及时的挂个皮肤科，症状体征确定是否是皮下囊肿。
皮下囊肿为良性的属于外科疾病。如果囊肿较小，可以定期复查的，如果要除根需要行手术切除的治疗。避免刺激，越刺激长的越快，要在感染前外科手术治疗。在感染前进行手术治疗将囊肿可以完整的剥离出来，如果囊肿表面已经有波动感说明已经合并了感染，手术不易剥离完全，残留的囊肿壁可以复发的。