怀孕初期检查有囊肿可通过以下方式进行处理：
妊娠早期发现有囊肿可能是妊娠期间伴有的附件囊肿。妊娠伴有附件囊肿通常是一种良性的疾病，其病因包括内分泌功能失调、遗传、环境等。如果囊肿体积小，没有任何的临床表现，基本不会对怀孕产生什么不良的影响。如果妊娠时有严重的附件囊肿，伴随着孕周的延长而发生腹部疼痛，甚至会对怀孕造成一定的阻碍。如果囊肿的大小或者妊娠时的症状比较严重，可以在妊娠三个多月后进行适当的处理。对于高度怀疑恶性肿瘤的患者，应该尽早进行手术治疗。
怀孕初期检查有囊肿，一般指的是怀孕同时合并附件囊肿。妊娠合并附件囊肿绝大多数都是良性病变，发病原因与内分泌功能紊乱以及遗传因素和环境因素等多种原因有关。囊肿体积较小时一般没有明显的临床症状，也不会对妊娠过程造成大的影响，一般无需进行特殊处理，注意定期复查。如果囊肿体积比较大，或者是妊娠期症状比较明显，可以在怀孕满三个月后选择合适的时机进行治疗。
卵巢囊肿多数考虑是良性的病变，可以选择药物进行消炎，同时配合等一些活血化瘀的药物进行对症治疗，定期复查彩超，观察囊肿的变化。如果情况严重，必要时需要通过手术处理的。
卵巢囊肿巧克力囊肿对于年轻女性有生育计划者，巧克力囊肿直径大于3cm，应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，对于恢复正常排卵，恢复正常受孕功能有很大帮助。直径小于3cm，症状轻微者，尽早怀孕，怀孕之后，体内孕激素水平升高，可以抑制异位内膜生长，病灶发生萎缩。
产后42天有卵巢囊肿，主要是炎症感染导致的不适症状，不排除激素紊乱导致的生理性症状意见用活血化瘀、消炎的药物观察治疗，治疗过后在考虑手术切除治疗。多休息，适当在室内走动，保持奶水充足，但注意让奶别结住，用温开水冲洗外阴，预防感染。
怀孕检查有囊肿，如果囊肿比较小，可以先观察一段时间等孩子生下来以后再处理，在怀孕期间有卵巢囊肿就是一个良性的病变，如果没有压迫或者是其他的症状，应该对身体没有多大的影响。