支气管囊肿需要手术，它是占位性病变，作为周围组织器官受到压迫，引起组织器官梗阻，特别是支气管梗阻。
因为支气管堵塞，呼吸困难、喘鸣、狭窄后，如部分分泌物容易堵塞，容易引起上呼吸道感染。而手术治疗，目前绝大多数为胸腔镜微创手术治疗。不需要像以前那样开大刀或切除肋骨，只要在胸壁上钻几个直径5毫米的孔，把仪器和镜子放进去，医生一边看电视一边做手术。
脑囊肿可分为蛛网膜囊肿和室管膜囊肿，前者占绝大多数，后者少见。蛛网膜囊肿是脑脊液样的囊液被包围在蛛网膜所形成的袋状结构而成，最常见于中颅底、桥小脑角、鞍上和颅后窝等。可致颅内高压，引起脑水肿、脑疝，危及生命。
皮下囊肿如果是手术切除，大多数可以在门诊手术室进行治疗，如果囊肿的面积较小，都可以在门诊手术，是不需要住院的。但是如果皮下囊肿位置较深，或者是直径较大的囊肿，还是需要住院治疗的。
宫颈囊肿的严重程度、囊肿的类型、患者的体质等都有一定的关系。如果囊肿是恶性的，并且有明显的症状，比如全身疼痛，消瘦，可以在医生的指导下进行手术。
不过大部分的宫颈囊肿都不需要做手术，因为囊肿的大小和周围的血流量都比较少。需要定期进行妇科检查，确定有没有宫颈癌前病变。具体的手术方法要针对不同的病人进行个体化的治疗。
女性的卵巢巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜移位症。生育期的女性如果患有卵巢巧克力囊肿，直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。此外它可以影响盆腔的内环境，影响正常的受孕，囊肿直径大于3个cm，这种影响会加大。手术之后可以帮助女性恢复正常生育功能。如果女性已经没有生育要求，或者年龄比较大，痛经症状轻，可以适当放宽到5cm。
肾脏小囊肿变大是需要手术的，囊肿增大容易引起疼痛等症状，严重的肾功能会受到影响。需要到医院做B超，常规B型超声检查对肾功能较好。定期抽血检查肾功能。术后注意休息，加强饮食营养。不要吃辛辣刺激的食物，不要盲目使用药物，以免加重肾脏的负担。