一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润，可观察或中医及内科治疗。
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议给予内分泌治疗。
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿发生。
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时治疗手术。
5、射频治疗是一种新的治疗方式，可以作为方案的替代，但不建议。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。
一般来讲，甲状腺囊肿是否选择手术，要看囊肿的性质和囊肿的大小来决定。
如果经过初步检查，确定囊肿是良性的，没有影响到人体的身体健康。可以选择不用手术。如果囊肿直径小于1厘米可以也暂时观察，但需要每3个月到半年做一次彩超，观察变化。
如果囊性逐步增大，就需要手术切除。如果囊性有恶性的可能，患者需要注意的是，则无论囊肿大小，都需要手术治疗。