主要病因有：母亲怀孕早期感染流感病毒、风疹病毒；遗传因素；怀孕期间服用镇静药、抗癫痫药、激素类药或大量接受X线照射等。主要表现为出生后上唇和上颚裂开成两瓣或三瓣，唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。
唇腭裂是母亲在生长发育过程中一些不利因素造成的。这些因素可归纳为遗传因素和环境因素两大类，临床实践中经常发现唇腭裂患儿，在其直系或旁系亲属中，也有类似的畸形，这是由于某个基因的突变造成的。环境因素指的是胚胎生长发育的环境。母体是胚胎生长发育的温床，如果母体受到外界的干扰，就会影响胚胎发育。
遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
唇腭裂是一种先天性发育问题，可能是由孕妇在妊娠早期接受的放射性物质或病毒感染引起的。一旦确诊，需要进行外科修复，这可能会影响病人的正常饮食和发音。重症病人的手术可能不会一次完成，而二期甚至三期的手术需要在后期进行。
发育畸形做了引产，现再次怀孕，患者因有胎儿畸形发育史，本该要做常规的孕前检查，查找引起胎儿先天发育不良原因，但患者还没来得及做。不能确定是否再次发育畸形可能。引产后两个月又检查出怀孕，子宫内膜还未修复好，土地太贫瘠，有可能导致胎儿发育不良，流产可能。患者引产后未积极避孕，产后没多久就怀孕。
