少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
做手术因为有麻醉是不痛的，麻醉是由麻醉师来完成的，但麻药过后会痛的，可以要点止痛片，过一个晚上主动性的疼痛会好点。如果用的是半身麻醉，做完手术后下半身会完全没有知觉，然后慢慢恢复知觉，半麻后小便会成问题。
做手术因为有麻醉是不痛的，麻醉是由麻醉师来完成的，但麻药过后会痛的，可以要点止痛片，过一个晚上主动性的疼痛会好点。如果用的是半身麻醉，做完手术后下半身会完全没有知觉，然后慢慢恢复知觉，半麻后小便会成问题。
宝宝患有肛周脓肿，属于外科病，需要去儿外科治疗，如脓肿明显需要脓肿切开引流治疗，黄疸2月仍不退，属于病理性黄疸。去医院挂儿外科看肛周脓肿，因为有肛周脓肿的高危因素，可能会引起败血症，黄疸有可能是败血症引起，应采血常规、血培养及脓液的细菌培养，来指导抗生素的治疗。
肛周脓肿去正规医院比较好。肛周脓肿是肛门周围软组织间隙的化脓性感染，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。
