肾囊肿的治疗方法为，在超声引导下经皮囊肿穿刺。将大的囊肿抽出注入无水酒精破坏囊肿壁，使其粘连闭合从而达到治疗目的。治疗中小的囊肿无需治疗。同时病人要保护自己的肾脏功能。防止慢性肾功能不全。
右肾囊肿可以使用手术来治疗的，是可以治好的。肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，单纯肾囊肿一般没有症状，可以不用治疗。只有当囊肿压迫引起血管闭塞或尿路梗阻时可出现相应表现。
右肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常。平时患者没有特殊症状表现，通常在体检时才发现。单纯性肾囊肿直径在2cm左右时，患者多没有表现出症状，对肾功能和周围的组织影响不大如果发现囊肿直径较大，如直径>5cm或产生周围组织压迫，引起尿路梗阻或有积液等情况，便需要进行囊液抽吸术。
一般的右肾囊肿是良性的，大约直径为2-5cm，没有表现症状，也不需要治疗，只要平时注意即可。而当肾囊肿的直径超过5cm时，就应及时进行治疗，治疗的方法主要采用囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。若肾囊肿的直径大于10cm时，则只能进行手术切除治疗。
如果是右侧肾脏囊肿，需要到医院的泌尿外科进行诊断和处理。
通常情况下，胚胎肾囊肿并不是必须要进行手术，而且目前还没有任何有效的治疗手段。大部分的肾结石，都是良性的，而且增长的很慢。所以，不会对孩子的身体造成太大的伤害。胎儿右侧肾脏囊肿需要经常到医院做检查，如果囊肿没有扩大，那么就不需要进行手术。囊肿有扩大需要手术。
女性右肾囊肿的治疗方法，如果是单纯性肾囊肿直径在2cm左右时，不需要治疗。如直径大于5cm或产生周围组织压迫，引起尿路梗阻或有积液等情况，便需要进行囊液抽吸术，并在囊内注射硬化剂。如果为巨大囊肿直径大于10cm，则可能需要进行手术切除治疗。