低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。疼痛：瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重。排脓：排脓是主要低位肛瘘的症状，新天生的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
低位肛瘘与高位肛瘘症状是一样的，主要表现是肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。确诊是需要行肛门指诊或直肠镜检查，治疗是需要手术治疗的。
高位肛痿与低位肛痿的区别在于，高位肛痿是指痿管已经达到坐骨直肠间隙，或者骨盆直肠间隙。低位肛瘘是指瘘管的位置比较浅，多在括约肌间隙，皮下脂肪间隙，或者肛门后间隙。两者手术方法不同，高位肛痿手术比较复杂。
