高位肛瘘的主要症状是肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。高位肛瘘反复发作，长期流脓血，可出现形体消瘦、精神萎靡等症状。外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。高位肛瘘反复发作，长期流脓血，可出现形体消瘦、精神萎靡等症状。结核性肛瘘脓液多稀薄，可伴两颊潮红、低热等症状。若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部肿痛，可伴发热、畏寒等全身症状；外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
肛瘘是临床常见疾病，痔、瘘、裂并称为肛肠科的三大疾病。肛瘘是由于肛周脓肿、破溃化脓，破溃而成，时间久了，就形成内口、外口，还有管道，这三个部位。什么是高位肛瘘，高位肛瘘指内口在肛窦的部位，外口在肛门外边的皮肤上。
高位肛痿与低位肛痿的区别在于，高位肛痿是指痿管已经达到坐骨直肠间隙，或者骨盆直肠间隙。低位肛瘘是指瘘管的位置比较浅，多在括约肌间隙，皮下脂肪间隙，或者肛门后间隙。两者手术方法不同，高位肛痿手术比较复杂。
低位肛瘘会有排脓、疼痛、硬结或瘢痕、瘙痒等，而高位肛瘘则表现为不太明显的疼痛、肿块、流脓、瘙痒等症状，为了避免症状加重，关键要做好肛门护理，就是坐姿时让肛门悬空透气，便后用水清洗干净肛周，熏蒸坐浴保证足够时间。