治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有中毒性菌痢的治疗法，本型来势凶猛，应及时针对病情采取综合性措施抢救。
支持和对症治疗，腹泻次数多者，大便会带走大量水分和电解质，导致脱水和电解质紊乱，轻者可予口服补液盐，严重脱水者，可考虑静脉输液。可以吃一些抗感染的药物，或者是治疗肠道炎症的药物，如果说是长期性的问题，就需要喝中药来调理。
应采取中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。抗生素治疗，早期用适当的可吸收的抗菌药物治疗，可明显减轻症状和减少菌的排出。
细菌性痢疾是由于细菌导致的，所以应该选择敏感性的抗生素来治疗。可以经验性使用药物，同时进行药敏实验，及时调整药物治疗。同时应注意避免服用止泻的药物以免加重病情。可是适当给予盐水来改善失水的情况，保持水电解质的平衡。
抗菌治疗，在治疗上一定要保持水电解质酸碱的平衡，对脱水者来说，一般应该口服补液严重者需要输液来进行均衡身体。应采用中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。
抗菌治疗，可使用抗菌药物，静脉点滴或肌肉注射，有效地控制感染；对症支持治疗，比如积极控制高热惊厥、及时进行抗休克治疗、维持水电解质酸碱平衡等。出现肠道菌群失调时，还可以应用益生菌，以利肠道正常菌群恢复。
