肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
流脓。肛瘘的初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。疼痛。肛瘘畅通时无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧。
肛门周围疼痛和肿胀，以及排便疼痛。肛瘘手术创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常可发生术后出血。平时要注意个人局部卫生干净，勤洗勤换，注意做好后期护理。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛瘘手术后的症状容易出现局部红肿，热痛等，可能是局部有感染引起的，可以及时外科进行检查，结合医生合理治疗，平时注意饮食清淡易消化，多吃蔬菜水果。需要保持大便通畅。
肛周脓肿，局部红肿、热痛，皮肤破溃后有脓液流出。建立正常的膳食习惯因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等。