肾穿刺最严重的并发症就是肾脏的出血。
肾穿刺如同从头上取十几根头发，因为每人有两个肾脏，每个肾脏有100个肾单位，以此肾穿刺取10-20个肾单位，其对人的损害如同揪头发的损害一样。但是肾穿刺过程中可能会出血、感染、误穿其他脏器，造成肾脏出血。
建议一定要积极的进行肾穿刺，切不可因为害怕而拒绝做肾穿刺检查，不利于患者治疗。
做了肾穿刺的危害有穿刺后约80～90%有镜下血尿，肉眼血尿的发生率因穿刺针损伤程度而异，约5～50%。血尿在1～5天内自行消失。腰痛，肾穿刺术后，多数病人有同侧腰痛或不适感，约3～5天自行消失。感染，穿刺术后感染不是很多见，多因消毒不严或原有肾感染在穿刺后细菌扩散所致。
肾穿刺对身体没有影响，但是会出现局部出血、尿血等反应，或者肾周围的血肿，通常可自行恢复，若血肿较大，则可出现腰痛、腹痛等症状，严重时需输血治疗。极个别的在穿刺过程中划伤肾动脉或肾脏，导致大出血，需联合外科行肾切除术。
肾穿刺是肾脏疾病的一种检查手段，肾穿刺会取出1—2条长约1cm左右的肾脏组织，其中大概含有10—30个肾小球。肾组织会做显微镜观察、电镜观察、免疫荧光学的检查，用来明确肾小球病变的类型和程度，观察有无肾小管、肾间质的损害，有无小管上皮细胞的脱落、间质的纤维化。
肾穿刺即肾脏的活体检测，这种方式的准确率很高，可以为患者的诊断做确定或修正，因而也就涉及治疗方案的确定与修正以及预后方案的确定与修正。如将检查本身所用的材料以及住院费用，还有检查费用算下来，肾穿刺费用在7000元-10000元之间。