肾囊肿一般没有什么临床症状，常常是在做彩超时发现肾脏有囊肿，但是如果肾脏囊肿比较大，或者本身继发感染或者本身破裂出血，就会有比较明显的症状。比如：会有腰疼，腰痛一般都是胀痛，一般都是因为囊肿挤压肾脏导致，再有会有血尿，如果肾盂旁的囊肿压迫了肾盂，就会出现镜下的血尿。
多数肾囊肿病人早期一般无任何症状及体征，多在例行检查时被发现。有症状者临床以腰腹部胀痛最常见，腹部可触及包块，肉眼及镜下血尿、高血压、反复出现泌尿系感染等亦较常见。
儿童肾囊肿早期通常没有症状。
儿童患肾囊肿要引起重视，及时治疗，囊肿逐渐增大会有腹部肿块、腰痛、血尿、蛋白尿等症状。家长要重视，要带儿童及时到医院检查治疗。一般要检查血常规、尿常规、B超及肾功能，一般通过手术的方式治疗。生活中不要吃巧克力和辛辣的食物，多休息，保证规律的作息，注意做好保暖，避免感冒。
有可能会出现腰、腹不适或疼痛，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。症状有疼痛，为隐痛，钝痛，固定于一侧或两侧，向下部及腰背部放射，血尿，可表现为镜下血尿或肉眼血尿。腹部肿块，有时为病人就诊的主要原因，60%—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。
肾囊肿临床表现为，腰腹部有疼痛不适，平时小便中可能带些或含有蛋白质的表现。所以要检测肾囊肿，结合肾脏彩超，肾功能化验等方法进行鉴别，现在的医疗技术还是比较发达的，肾囊肿是很容易被治好的。
肾囊肿破裂与肾结石急性发作往往容易混淆，都有肾虚脚痛或者是胀痛，然后有血尿或者是尿路感染的症状，因此在治疗上需要结合的临床表现选择药物治，药物治疗需要在医生的指导下进行。