可采用药物或和手术治疗保守性手术外，尚无一种理想的方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗有生育要求的轻度明确诊断后先行药物治疗，保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求可行性手术。
治疗巧克力囊肿时，如果囊肿较大，可以进行保守治疗，切除囊肿组保留子宫和卵巢。巧克力囊肿不属于肿瘤，这是子宫内膜异位症的一种，一般是良性的，不会发生癌变。但是由于其特殊的部位，所以使用药物的效果不好。但是这种囊肿会随着月经周期的进行而逐渐增大。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
巧克力囊肿炎性囊肿的治疗方法，是要看囊肿的大小来决定怎么治疗的。如果是因为巧克力囊肿导致的不孕不育，那么可以手术切除。也可以到促排卵，增加怀孕几率，具体需要看囊肿的大小来综合治疗。
可采用药物或手术治疗。迄今为止手术外，尚无一种理想的方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据病人年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。
除了手术和药物治疗外，巧克力囊肿还可以用艾灸治疗，而且各种囊肿用艾灸都是适合的，最主要是艾灸可以阻止囊肿的再生，因为用艾灸可以改善血瘀的体质，用艾灸可以改变虚寒的体质，体质改变了，囊肿便没有了再生存环境。
