巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
卵巢巧克力囊肿的治疗费用一定程度上不同的病人病情不同，采用的治疗方法也不同，需要根据病人的具体情况来定。注意休息，调节情绪，保持良好的睡眠及饮食均衡，多进食新鲜水果蔬菜，劳逸结合，避免过度劳累、剧烈运动及紧张焦虑。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
巧克力囊肿手术并不算大手术的，是妇科的一个常见手术，当然至于具体的费用，是跟每家医院的收费标准不同，而有一定差异的，当然只要是正规的三级甲等医院都不会乱收费的，所以也要放松心情，积极的配合治疗。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。