多囊肾可以采取中医内病外治的保守治疗，直接针对肾内病变，从肾脏根本上去修复受损的肾功能单位，抑制囊壁上皮细胞分泌囊内液，使囊内液回吸收，有效控制囊肿的增大，使大的囊肿缩小，小的囊肿不再增大，避免病情进展，防止反复，达到恢复的效果。
多囊肾分为常染色体显性多囊肾和常染色体隐性多囊肾，这2个都是因基因突变导致的遗传性疾病。目前有抑制囊肿生长的药物，如血管升压素2受体拮抗剂，生长抑素、西罗莫司等正在进行三期的临床试验，疗效和副作用尚未明确，有可能是以后多囊肾治疗的最新方法。而目前多囊肾的治疗重点在于治疗并发症，缓解症状，保护肾功能。
多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
胎儿多囊肾的症状是双侧肾脏对称性均匀性增大，回声增强。或者双侧肾脏能够看到多发性的囊肿，这是多囊肾的特征性表现。多伴有膀胱显示不清，由于肾脏失去功能同时造成羊水过少。
本身多囊肾总是属于先天性疾病问题，一般采用保守的治疗方式，肾脏一般是出现了，没有办法正常的清除体内的废物，给肾脏所带来的异常伤害，如果肾脏没有办法进入体内的废物会造成更严重的尿毒症等情况。对于治疗多囊肾疾病需要患者结合医生的专业治疗来进行诊断。
