高位肛瘘的治疗方法，有手术以及饮食治疗。如果采取手术的治疗方法，在必要的时候还可以查看MRI，以便及时作出较为精确的确诊，从而可以防止手术的盲目性。多吃干果，少吃含有高蛋白、高胆固醇的食物。
高位肛瘘的主要症状是肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。高位肛瘘反复发作，长期流脓血，可出现形体消瘦、精神萎靡等症状。外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。
忌食腥、辣刺激性食物。平素要多吃含纤维多的食物，如红薯、芹菜、茄子、香蕉、玉米等。用饮食调整的方法防止便秘，保持大便通畅，将有利于疾病的康复。避免久坐湿地，以免肛门部受凉受湿，引起感染。保持肛门清洁，勤换内裤，便后清洁肛门，对预防感染有积极作用。还有一点应该注意的是，一些药物和一些饮食是不能同时吃的。
肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。高位肛瘘反复发作，长期流脓血，可出现形体消瘦、精神萎靡等症状。结核性肛瘘脓液多稀薄，可伴两颊潮红、低热等症状。若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部肿痛，可伴发热、畏寒等全身症状；外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
用于克隆氏病引起的肛瘘。该术式有可能会对病人造成严重后果，临床上不作为首选治疗方法；全括约肌保留手术：具体术式包括瘘管切除推移瓣手术、瘘管结扎手术以及三间隙引流手术。全括约肌保留手术可以降低术后肛门功能损伤程度，现在临床作为高位复杂性肛瘘的首选治疗方法。