肾结石加肾囊肿可能严重，也可能不严重。
一般来说，肾结石可以是很重的，也可以是轻的，比如肾囊肿，如果体积很大，并不会太严重。囊肿有可能是因为囊肿有炎症，或是有很大的。一些肾脏脓疡伴有炎症，会有高烧，高达39~40℃，重则会导致感染，危及性命。肾结石由于长期的反复炎症刺激，还有一些肾结石会发展成肾癌，通常是鳞癌，但手术和其它的疗法对疗效都很低，而且愈合非常不好，因此肾结石合并肾囊肿并不是很严重。这种疾病要看患者的具体病情，如果出现了肾结石或者肾囊肿，一定要到正规的医院泌尿外科进行检查。
患有肾结石肾囊肿是严重的，是需要进行手术治疗的，如果症状不明显，可以定期复查，观察变化。一旦生长迅速或者临床症状严重，就及时手术。平时要注意避免过度劳累和剧烈运动。注意保暖和休息。养成多喝温水的习惯。
肾囊肿和肾结石是两个不同的疾病，要看肾囊肿的大小，如果是特别小的肾囊肿，不会特别影响肾功能，如果是特别大的肾囊肿，会对肾组织造成明显的破坏，出现肾功能的下降，会影响性功能，肾结石的严重程度，要看肾结石的大小以及所处的位置。
针对肾结石，肾囊肿的病人，具体怎么办还是要根据具体结石的病情以及囊肿的病情来决定具体的治疗方法。
要给患者做彩超，CT及其他检查以明确肾结石具体情况和肾囊肿大小及其他病情。在这些方面都要根据患者实际的病情进行具体的分析，这样才能够制定出相应的方案。通常情况下，肾结石如体积较小，梗阻轻者可采用某些药物处理，许多患者都能以保守方式排出结石。如结石的体积较大，也许有必要用手术方法清除肾结石。在临床中通常会选择肾穿刺取石和经皮肾镜取石术这两种方式。肾囊肿通常都属于良性疾病，如体积小患者无症状，然后就能定期观察了，若囊肿超过四厘米，或认为囊肿可能恶变，则应积极手术。
通常，肾结石、肾囊肿，不会对怀孕造成影响，但怀孕后，如肾结石或囊肿伴感染或疼痛等，也许会影响妊娠。因此，若患者孕前检查查出肾结石或囊肿，仍建议患者做细致检查，若结石能够在孕前得到治疗则为最佳。
孕期如有肾结石落入输尿管内，导致肾绞痛或频繁重复的泌尿道感染，对于怀孕有一定的影响，有些人甚至可引起流产，连死胎也会发生。肾囊肿通常对于怀孕会有较低的影响，但亦有部分可并发感染，会导致发热，这类患者孕前还需有所防范，减少疾病对身体的危害。
肾结石和肾囊肿是两种不同的病，是否会引起血尿需要根据病情的严重程度来判断。
两者的发展和肾中央的位置不同，肾结石位于肾盂内，而肾囊肿则在肾本质内，不在排泄体系内。肾结石一般会导致血尿，也可能是肉眼血尿，其具体的程度取决于患者的身体状态，例如混合性的炎性血尿。囊肿通常不会出现血尿，如果囊肿与肾盂肾盏相连，那么就会出现血尿，不过大部分时候都不会出现血尿。而另一种是先天性多囊肾，其内部存在着许多的囊肿，破裂进入肾盂和肾盏时会出现血尿。
