一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
甲状腺囊肿是一种常见的良性疾病，囊肿的意思就是甲状腺表面长出了囊状物，在囊肿内装满了液体，本病可单发，也可以多发，通过甲状腺的初诊，甲状腺囊肿一般没有恶变的风险，直径4mm，说明体积是非常小的，大部分患者也咩有任何临床症状，因此不需要治疗，这部分患者建议每隔半年或者一年定期到医院随访甲状腺的整体状况。
甲状腺结节囊肿检查正常的情况下，基本不影响怀孕。
诊断要由专科医生来做，需要了解是否有手术的适应症。如果有手术的指征，建议考虑手术以后再怀孕，这样对身心健康会起到更好的作用，也有利于优生。还建议，如果这种结节性囊肿没有手术的指征，建议一定要定期复查。如果发现局部生长速度加快，就要考虑手术进行治疗。并且女性在计划怀孕前，要进行甲状腺功能检查，肝肾功能检查，六大性激素检查，了解是否有导致胎儿畸形的病毒，再考虑怀孕。