高位肛瘘是指瘘管及其支管在肛提肌和肛管直肠环上方。手术是治好高位肛瘘的根本方法。如果手术中过度损伤肛直环会导致不可逆的肛门损伤，所以手术要充分保护肛门的核心结构“肛直环”。
平时应养成良好的按时排大便的习惯，防止便秘，在每天早晨起床后立即大便。大便干燥时，可在每日清晨饮一杯淡盐水，忌食辛辣刺激性食物。到公立医院治疗肛瘘，调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外不要长久站立。不利于血液循环。
治疗简单的肛瘘2周左右可渐愈，大约需3周左右可以治好的。高位肛瘘，疗程相对更长一些，在膳食方面需合理调养，适当多食一些高蛋白饮食，同时要注意肛门局部锻炼，以改善血液循环，加速肛瘘术后快速康复。
这样是没有明显的治疗效果的，因为中医只是调节人体的内环境，肛瘘是已经出现了明显的组织损伤。可以去医院通过手术修复，将相应的缺损部位修补之后，才能够彻底的解决它导致的临床问题。饮食要清淡，起居也要注意，去厕所不要用力。
瘘外口流出少量脓性，血性，粘液性分泌物为主要症状，较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出，由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。去专业正规的医院接受检查和治疗。对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等，及时治疗肛窦炎，肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘。