复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的较好方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。
这可能是环状痔疮，这与久坐便秘或遗传有关，疼痛可能是局部炎症。可以局部涂抹药膏进行治疗。注意保持当地卫生，避免紧身内裤摩擦，按时洗澡和用药，尽量不吃辛辣和肉类食品，以免便秘后加重病情。多喝蔬菜汤，多吃水果。
高位复杂性肛瘘是肛瘘里最复杂的一种，这种肛瘘内口的位置比较高，瘘道的走形比较弯曲，经常会伴发两个或者两个以上的内口，还有的会形成马蹄状的肛瘘，所以是比较复杂的一种疾病，需要手术治疗。
肛瘘应该用手术的方法进行治疗。是肛周脓肿或者是肛肠部位外伤引起的，应该到医院检查，查清病因，配合医生做好检查和治疗工作。要多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，不要吃上火的食物。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。