甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润，可观察或中医及内科治疗。
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议给予内分泌治疗。
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿发生。
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时治疗手术。
5、射频治疗是一种新的治疗方式，可以作为方案的替代，但不建议。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
甲状腺囊肿治疗方法有手术治疗，中医中药治疗，但前者会留下手术疤痕，单纯的中医药治疗效果又不理想。可用穿刺抽液囊内注射止血剂和内服中药的中西医结合治疗，可能会引起肌注部位吸收不良、输液外渗药物的化学刺激或感染，可使局部组织产生不同程度的炎症反应。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。