肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘多是由于肛周脓肿破溃之后形成的，所以肛瘘的治疗时间是在肛周脓肿破溃之后。内口以及瘘管相对比较清晰，而且瘘管相对不多，容易处理干净，避免肛瘘术后复发。多属于低位的单纯性肛瘘，只要清除干净内口以及瘘管，手术就可以成功。肛瘘在临床上治疗，越是复杂性肛瘘或者高位性肛瘘，其术后复发率相对就越高。肛瘘持续时间越长，瘘管就越多，对肛周的组织损害越大，不利于术后的恢复。
肛瘘临床治疗方法可用药物治疗，肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
低位肛瘘，属于比较简单的肛瘘，最有效的治疗办法是进行手术，可以选择瘘管切除或者切除缝合术。因为肛瘘属于慢性感染性疾病，多继发于肛周脓肿，反复迁延不愈导致的。在手术以后，应该注意定期进行换药，尤其是在每次排便之后，及时进行清洗，清除创腔或者创面表面的分泌物，及时应用碘伏进行消毒。
肛瘘脓肿可以手术治疗。瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，患有肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。