治疗咖啡斑胎记可以选择激光治疗。但是激光治疗不止一次，需要多次治疗，同时需要防晒。如果咖啡斑长在躯干，边界也不清楚、颜色又比较淡，暂时可以不管它，因为并不影响生命，只是影响美观。
会影响病人的心理健康：而且咖啡斑的面积会随着年龄的增长不断扩大，给患儿造成极其严重的心理负担，给大人在工作和生活带来一定影响，并且时间久了会引起自卑、焦虑等心理，也影响人际交往。危及身体健康：如果咖啡斑面积较大、数量较多，则有可能是神经纤维瘤的征兆，影响身体健康。
治疗咖啡斑比较好的方法激光治疗。咖啡斑又称咖啡牛奶斑，颜色类似咖啡与牛奶混合后的颜色，是较为常见的色素沉着性皮肤病，咖啡斑色泽自浅褐色、棕褐色至暗褐色，但每一片的颜色相同且十分均匀，深浅不受日晒的影响。
咖啡斑能彻底去除，一般是采取激光的方法去除。激光祛斑利用光照的现象原理，能够产生极高的温度，迅速进行膨胀，可以将黑色素颗粒进行破坏或者是液化，被周围的巨噬细胞进行吞噬，达到去除咖啡斑的目的。如果咖啡斑的颜色比较深，激光的次数也会增加，不要受到紫外线的照射。
咖啡斑冷冻可能会有一定的疼痛，但是并不会特别的严重。冷冻治疗咖啡斑通常能够起到比较好的作用，能够将病变组织进行破坏，可以达到比较好的治疗效果。但是在治疗的时候也有可能会损伤到正常的组织，还会对局部带来轻微的刺激，所以会出现疼痛的情况，如果感觉疼痛比较严重，可以对局部敷麻药。
祛咖啡斑最安全有效的方法是彩光祛斑，通常对皮肤的损害比较小。彩光祛斑是利用一种仪器发射一种管宽光谱彩光，这种宽光谱彩光具有超高的能量，可以瞬间爆破咖啡斑内的色素组织，并且使其柔和的分解消融，然后随着身体的代谢排出体外，达到祛除咖啡斑的效果，整个过程中不会对皮肤产生伤口，通常损害比较小。