根据不同的程度、不同的类型对肛瘘进行对症的治疗。肛瘘的分类有以下几种：低位单纯性肛瘘：只有1条瘘管通过外括约肌深层以下，1个外口，1个内口，内口在齿状线肛窦附近；低位复杂性肛瘘：有2个以上内口或外口或瘘管，瘘管穿行在外括约肌深层以下；高位单纯性肛瘘：仅有1条瘘管，瘘管穿过外括约肌深层以上，1个外口，1个内口，内口位于肛窦部位；高位复杂性肛瘘：有2个以上外口、内口或瘘管，通过外括约肌深层以上。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
肛瘘由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒颤，乏力等全身感染症状。肛瘘的治疗原则是手术为主，只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。