肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。首先，时间长了容易癌变。其次，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，如肛门会经常疼痛，内裤是经常被脓血污染的，尤其是局部皮肤瘙痒，令人难以忍受。使体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，感到很虚弱、没力气，精神萎靡等。所以，肛瘘对人的危害是很大的，及早手术治疗是上策。
可以依据自己的身体情况适当做一些运动的，但是注意平时要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，避免油腻辛辣刺激性食物，适当运动，戒除烟酒，也可以在医生的要求下，服用一些药物来调理。
分高位低位，1934年英国S.mark医院的Millgan和Morgan用齿线作为分界线。这种分法简单明了，实用性很强。齿线是肛门与直肠的分界线，可以在肛门镜下清晰可见。齿线处的肛窦是肛瘘的感染内口，以此线为起点，向上就是高位肛瘘，向下就是低位肛瘘。
肛瘘不能自己愈合。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应结合内口位置的高低、瘘管和肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽最大可能减少肛门括约肌的损伤，避免肛门失禁，同时避免瘘的复发。