生殖器疱疹的治疗主要是抗病毒治疗，治疗的主要的目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程，以及防治一些继发性的感染。要保持局部的干净和卫生保持干燥的一个状态，每天可以用等渗的生理盐水清洗，如果明显疼痛的话，可以口服一些止痛的药物，如果合并细菌感染的话，可以外用抗真菌软膏。平时要注意卫生。
中医主要是给开一些健脾利湿、清热解毒和养肝滋肾、滋阴清热的中药治疗。当出现局部的感染后，要及时用消毒水清洗局部避免局部的搔抓，不可用刺激性太强的药品。患病后需注意预防感冒、着凉、劳累，以减少复发。治疗期间禁房事。
选择激光疗法治疗：一般1次即可使疱疹脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于面积较小的疱疹。中药治疗：刺激肌体产生免疫球蛋白提高自身免疫功能。
生殖器疱疹可以采取抗病毒，提高免疫力的治疗，属于易传染，易复发的。提高自身免疫力尤为重要。在积极治疗的同时，要调整心态，放松自己，适当地锻炼，提高机体免疫力。
男性生殖器疱疹的症状可以保持局部卫生，做好消毒，可以口服抗病毒的药物治疗，外用对症的药物涂抹，内衣做好消毒，不要搔抓，以免感染，在治疗期间不要同房，平时做好预防，在治疗期间不要吃有刺激性的食物，增强体质，必要时可以口服抗炎的药物来进行治疗。日常饮食注意以清淡和易消化的食品为主，禁食辛辣刺激的食品。
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒引起的，需要抗病毒治疗或者采用光动基因免疫疗法。注意保持局部清洁卫生，避免性生活。一定要到正规医院去治疗，千万不要听信某些私立医院的广告宣传，以免上当受骗。