巧克力囊肿是不会影响怀孕的，但是怀孕后由于体内激素的原因可能会导致囊肿增大，要定期到医院去复查，应该是把巧克力囊肿先治疗好，再受孕比较好，同时要注意休息。清淡饮食为主。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
子宫内膜异位瘤一旦形成，其异位的程度很可能已达中度以上，若再加上卵巢外侧黏连，则很容易变为重度异位症。其治疗主要以开刀切除囊肿为主，药物为辅；抽吸（配合超音波进行）囊肿只能减少囊肿直径，是为了提高手术或药物的效果，并不能作为主要疗法。
巧克力囊肿约25%病人无症状，有症状者表现下腹痛、继发性痛经进行性加重、不孕等，该疾病不孕率高达40%。新婚，未生育，有生育要求，巧克力囊肿大小5厘米，建议手术治疗，因术后复发率高，所以术后要尽早备孕，术后可以到正规医院生殖中心进行指导备孕。
因为巧克力囊肿我们也叫卵巢子宫内膜异位囊肿，它是子宫内膜异位症的一种病理表现，内膜异位症病人不孕率是高达40%。它引起不孕的原因很复杂，比如有盆腔微环境的改变影响精卵结合以及运送，而破坏子宫内膜正常代谢以及生理功能，以及卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。中重度病人，可以卵巢双管周围黏连而影响受精卵的运输，而卵巢巧克力囊肿的黏连与周围组织的黏连也是比较严重，因此它肯定是会导致不孕。
单侧的巧克力囊肿可影响怀孕，但是不会导致不孕。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，为临床常见疾病，主要由于子宫内膜异位至卵巢，逐渐形成囊肿引起。子宫内膜异位至卵巢时，每月也可脱落，但长此以往，囊肿内形成巧克力液状黏稠液体，因此临床上称为巧克力囊肿。