口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
用消毒棉签蘸粉末敷患处，一般用药3天后恢复，将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可，若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉，用针刺破维生素E，将药液挤出涂于口腔溃疡处，保留1分钟，每日用药4次可恢复。
口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
口腔溃疡非常严重，面积比较大程度比较深，引起的疼痛比较剧烈，同时在机体抵抗力下降的情况下，还会伴发感染，这是就要及时到医院就诊，如果感染比较严重就要对症处理。如果感染不是特别严重，就要针对溃疡进行激光和药物治疗，尽早的缩短愈合的过程。
溃疡在十天左右可以自愈，口腔溃疡是各种口腔黏膜病中发病率最高的。口腔溃疡通常是长在嘴唇舌头或者是口腔内其他部位的这种口腔溃疡，看起来浅而且小形状一般是圆形或者是软型的，边界清楚，有很明显的疼痛感。
口腔溃疡的病因复杂，存在着明显的个体差异，可能和自身免疫力或者维生素缺乏有关，局部治疗以消炎止痛防止继发感染，促进愈合为原则，可以自行贴止痛药膜，也可以局部麻醉下进行溃疡处涂药来缓解疼痛。