目前对于输精管阻塞的治疗主要是对因治疗的，也就是说先要找出输精管阻塞的病因，找出病因后先治疗病因，病因治好了以后输精管自然就会通畅了。临床上对于输精管堵塞的治疗最为常见的方法还是手术治疗，其中，输精管吻合术就是一种能有效治疗输精管堵塞且难度较低手术，具有对输精管堵塞的损伤小、治疗时间不长等的优点。
输精管堵塞与睾丸炎也有关系的，也可能是与输精管炎症有关的，需要进一步检查确诊并治疗，不孕不育的病症及病因有多种，需要到专业的男子医疗机构进行检查，根据检查结果进行治疗。
在治疗输精管堵塞上，还可以采用显微外科精微定点输精管道吻合术来治疗。该技术是采用全层吻合术来进行缝合，不易勒破男性朋友输精管的粘膜。而且线结不会留在吻合口等基层间，能够完全的对合严密，同能够缩短治疗的时间。避免并发症的出现。术后复通的几率高。
输卵管不通畅需要看部位，如果是伞端的轻度粘连可以行腹腔镜手术分离粘连，如果是中间部位粘连，可以试管婴儿助孕治疗，男方取精女方促排卵取卵体外受精形成胚胎，再移植到子宫里达到怀孕目的。
治疗时首先应针对原发病治疗，如抗炎、抗痨、抗肿瘤等，亦可将堵塞处切除后进行断端吻合，个别情况下可直接从附睾处吸取精子进行人工受精。中医认为输精管堵塞是由于瘀血阻塞精道所致。
输精管堵塞可以根据堵塞部位和堵塞病因进行治疗。如果是炎症引起输精管堵塞，如附睾炎，首先采用抗感染治疗，药物治疗无效者，可手术治疗，比如附睾结节引起的附睾尾部堵塞，通过输精管造影找到堵塞的部位，采取输精管附睾吻合术可以使输精管再通。如果是射精管囊肿、射精管道周围器官囊肿或肿物压迫输精管，将病灶切除也可使输精管再通。