肾小球肾炎的治疗要针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。针对非免疫发病机制的治疗，包括高血压、高血脂、高血糖、高尿酸血症、肥胖、蛋白尿及肾内高凝状态、肾素血管紧张素系统激活、氧化应激等治疗。
有些肾炎中医是能够治好的，比如隐匿性肾炎，这样的轻型肾炎，中医是有优势的。但是，作为慢性的肾小球肾炎以及肾病综合征，可以用中医、中药的方式缓解症状，但不能治好这种疾病。
中医治疗慢性肾炎主要是从肺脾肾三脏着手，一般是宣肺健脾，补肾，利尿，病久还可以配以活血化瘀的药物，比如三七粉可以使尿中蛋白消失，慢性肾炎晚期往往是顽固性的蛋白尿，很难消退，治疗慢性肾炎是以益气健脾，活血化瘀为主。
慢性肾炎能用中医治疗。慢性肾炎中医治疗，主要是服用中草药或中成药进行治疗，不过中医治疗时间会比较久，患者在接受治疗时要有一定的耐心。如果中医治疗不理想，患者要到医院做尿液检查、肾功能检查，然后根据检查结果，选择合适的药物进行治疗。慢性肾炎患者在接受治疗的时候需要调整饮食，不要抽烟和喝酒，也不要吃太多富含钾和蛋白质的食物，饮食要多吃一些新鲜的水果和蔬菜，有助于病情恢复。
男性患者，起病年龄较大者预后差。持续性镜下血尿伴有蛋白尿，预后差。蛋白尿常提示最终发展到肾功能不全，预后较差。但IgA肾病表现为肾病综合征的患者，若肾组织病理变化轻微，对糖皮质激素治疗反应好，预后好。IgA肾病患者有高血压，特别是难于控制的严重高血压，预后差。妊娠对IgA肾病患者的影响，无高血压及肾功能减退的IgA肾病患者，妊娠一般是安全的。