肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘常见症状：排便障碍、肛门括约肌松弛、肛门短时间阵发性钝痛、肛周皮肤潮红。肛瘘的主要症状是，肛周皮肤上的外口常有少量的脓性分泌物排出，皮肤有湿疹和瘙痒等不适。如外口封闭无脓液排出后可呈假性愈合，一旦脓肿再次形成，局部又有红肿、疼痛。如脓肿大而深，则可伴有畏寒、发热等全身性感染症状。症状反覆发作是肛瘘临床表现的特点，肛瘘外口多有隆起的肉芽创面，按之可挤出少许脓性分泌物。
肛瘘是在肛门周围出现一个漏口，而且里面出现有脓的情况，也就是说这段时间疼痛比较严重，而且，内裤上会有出现脓的分泌物，检查一下肛门周围会有出现漏眼的地方，这就是肛瘘的症状，肛瘘多数都是因为痔疮，有肛周脓肿，没有得到及时的治疗，严重引起的。只能通过手术，没有其他的方法。
肛瘘的症状有流脓，肿痛，肿块，瘙痒，全身症状，复杂或迁延日久常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
常见症状是肛周反复流脓流液，可伴有肛周疼痛，及肛周瘙痒。全身症状少见，如迁延不愈，可伴有肛门狭窄、排便困难，贫血，精神萎靡等症状。如伴有继发性感染，可有发热等全身症状。